Tel Aviv è “a un passo dall’emergenza”. Sono le parole del premier Naftali Bennett, poche ore dopo la pubblicazione sul British Medical Journal di uno studio dell’Ariel University: la protezione del siero cala progressivamente dopo tre mesi […]
(DI PETER D’ANGELO – Il Fatto Quotidiano) – Israele, uno dei Paesi in cui è stata già individuata la nuova variante B.1.1.529 è “a un passo dallo stato d’emergenza”. Sono parole del premier Naftali Bennett che arrivano poche ore dopo la pubblicazione sul British Medical Journal di uno studio dell’Ariel University in cui si rivela il calo progressivo della protezione vaccinale dopo tre mesi. Lo studio ha selezionato 83 mila individui, vaccinati con doppia dose Pfizer risultati positivi al Covid dopo 130-180 giorni (in media). Circa 8 mila soggetti avrebbero contratto la malattia, registrando un aumento del rischio contagio del 15%, a 6 mesi dalla seconda dose di vaccino.
Il calo è confermato dal governo di Tel Aviv, tanto che lo stesso ministro della Sanità, Nitzan Horowitz, ha affermato in un’intervista a Channel 12, che potrebbe esserci bisogno di una quarta dose di vaccino. La curva dei contagi indica che il 9% dei nuovi casi aveva ricevuto la terza dose di richiamo.
Un altro studio pubblicato su The Lancet ha riguardato 1.684.958 individui, la metà dei quali vaccinati con due dosi di AstraZeneca, Moderna o Pfizer, ognuno abbinato a un individuo non vaccinato con analoghe caratteristiche anagrafiche. Sono stati esaminati i casi di contagio sintomatico e di Covid grave nel periodo dal 12 gennaio al 4 ottobre 2021.Riguardo ai casi di contagio sintomatico, i risultati mostrano che la riduzione media del rischio relativo con il vaccino Comirnaty (Pfizer) diminuisce progressivamente dal 92% dopo 15-30 giorni al 47% dopo 121-180 giorni, e dopo circa sette mesi è sostanzialmente nulla. Con Moderna la riduzione media del rischio relativo diminuisce più lentamente, raggiungendo il 59% dopo sei mesi. La riduzione media del rischio relativo è minore con Astrazeneca e si riduce più rapidamente, senza più alcuna efficacia a sei mesi. Per quanto riguarda il Covid grave, la riduzione media del rischio relativo passa dall’89% dopo 15-30 giorni al 42 dal giorno 181 in poi.
Il contesto israeliano è sempre importante, perché fotografa con anticipo quello che potrebbe avvenire in Europa. In queste ore, il Jerusalem Post sintetizza in un titolo tutti i dubbi che sta affrontando il Paese: “L’aumento dei casi di coronavirus è l’anticamera di una quinta ondata?”. In pochi giorni, i casi totali sono passati da 5 mila positivi a oltre 6.500, con un crescendo che è passato da 517 a 603 contagi al giorno, nel giro di due settimane, aumentando di 100 unità di media. I consiglieri del governo israeliano affermano che la campagna di vaccinazione dei bambini non sarebbe comunque stata sufficiente da sola per fermare la diffusione del Covid. Il professor Eran Segal dell’Istituto Weizmann è intervenuto martedì davanti al governo e ha sostenuto che il livello di immunità è diminuito da novembre e che ciò si riflette nell’aumento del numero di nuovi casi confermati. Stando a quanto riportato dal quotidiano israeliano Haaretz, il panel di esperti ha consigliato al governo di adottare ulteriori restrizioni.
infosannio 
invece che leggere sti lanci d’agenzia
per chi è interessato (per cui noQualcosa potete saltare, non parla di 5G e non è Youtube)
–
Polina Loseva (sono considerazioni precedenti al nomina della mutazione in Omicron – vedere nota finale)
Quando Delta ha conquistato il mondo, tutti si aspettavano che generasse una nuova versione ancora
più aggressiva che un giorno le sarebbe succeduta sul trono.
Ma finora gli eventi si stanno sviluppando in modo completamente diverso.
Ti diremo come sono arrivate altre opzioni per sostituire il Delta e cosa ne è derivato.
Nel novembre 2020, i virologi hanno notato un insolito genoma del coronavirus nel database GISAID.
La sua proteina spike aveva due mutazioni, E484Q e P681R – non si erano mai incontrate prima nella stessa sequenza.
Il primo ha reso la nuova variante del virus meno evidente per gli anticorpi, il secondo gli ha permesso di aderire
meglio alle cellule.
Nel giugno 2021, questo duo ha aiutato la variante B.1.617.2 (alias delta) a deporre il trono dei suoi predecessori
– alfa, beta e gamma – e a prendere il loro posto.
Ora il nuovo tiranno lascia alla loro quota non più dell’uno per cento di tutti i nuovi casi di covid.
In un anno, l’opzione delta ha conquistato il mondo e ha gettato le basi per una nuova fase
nell’evoluzione del coronavirus.
Fino a poco tempo, sembrava che tutte le seguenti opzioni sarebbero inevitabilmente discendenti del delta.
Ce ne sono già tanti: ad esempio, secondo la classifica Pango , sono già più di cento i figli del delta.
I virologi hanno notato il primo di questi eredi , AY.1, nell’estate del 2021 – e anche allora stavano in guardia.
Ha acquisito un’ulteriore mutazione K417N (alias “Karen”) e ha promesso di essere più contagioso del suo genitore regnante.
Quindi i virologi erano doppiamente vigili – quando la variante AY.4.2 è apparsa nel Regno Unito :
differisce dal solito delta nelle mutazioni Y145H e A222V.
Ma nessuno di questi principi è ancora diventato un vero concorrente del padre.
Ma proprio ora, in due paesi del mondo, hanno iniziato a parlare contemporaneamente delle qualità
degli altri “figli” del delta.
– Figlio sfortunato
Il delta è arrivato in Giappone nell’aprile 2021.
A luglio, suo figlio, variante AY4.2, l’ha raggiunta, ma non è rimasto a lungo.
Entro la fine dell’estate, oltre l’85% dei casi era causato dal delta e ogni giorno nel Paese venivano registrati
oltre 20mila nuovi casi.
E poi l’epidemia è crollata improvvisamente: in un mese il numero di casi è diminuito di 10 volte,
a novembre è stato fissato a un livello di duecento al giorno – che è molto meno che nelle precedenti pause tra le ondate.
In un’intervista al Japan Times, un professore dell’Istituto nazionale di genetica Ituro Inoue
ha spiegato il “miracolo giapponese” dell’autodistruzione del virus.
Riferendosi ai dati ottenuti nel suo laboratorio, ha affermato che dopo diversi mesi di vita in Giappone,
la variante delta non è diventata più diversificata (cosa che ci si poteva aspettare dalla variante con maggiore infettività).
Invece, un solo erede del delta si è impadronito di gran parte del Giappone.
Quindi smise di accumulare nuovi cambiamenti in se stesso e poi iniziò a estinguersi del tutto.
Inoue crede che la ragione del fallimento del delta in Giappone sia stata la mutazione A394V
nella proteina nsp14, che i ricercatori hanno trovato nella maggior parte dei genomi giapponesi.
Nsp14 non è una proteina strutturale, non è coinvolta nella comunicazione del virus con la cellula e gli anticorpi,
ma è solo responsabile della costanza del genoma virale. In ogni ciclo di copiatura,
il virus acquisisce alcune modifiche puntuali, dopodiché viene attaccato dalle proteine cellulari APOBEC
e vengono apportate ulteriori modifiche, nella speranza che sia possibile disabilitare alcune proteine.
Nsp14 è necessario esattamente per eseguire il rollback di queste modifiche.
Le mutazioni in questo gene del coronavirus sono state riscontrate in precedenza.
Ma, secondo Inoue, è stato in Giappone che la variante delta ha accumulato un numero critico di mutazioni
che hanno reso inutilizzabile nsp14.
E la proteina APOBEC3A, che, in media, viene prodotta negli asiatici in concentrazioni più elevate
rispetto agli europei, ha completato il business.
Allo stesso modo, ha affermato Inoue, anche il precedente coronavirus, SARS-CoV-1,
l’agente eziologico della pandemia di SARS nel 2003, è morto.
Il genetista crede che anche lui sia stato abbattuto da un nsp14 difettoso.
Almeno negli esperimenti di laboratorio, questo è stato davvero sufficiente perché la SARS iniziasse
a peggiorare nelle cellule – e ciò che è realmente accaduto non è più noto, non c’è abbastanza materiale.
Ma non tutti i ricercatori sono d’accordo con questa interpretazione del “miracolo giapponese” –
ad esempio, il professore di Skoltech Georgy Bazykin ha definito una tale confluenza di eventi estremamente
improbabile.
Il meccanismo di cui parla Inoue, ha spiegato Bazykin, si chiama il cricchetto di Mueller :
“L’idea è che le popolazioni asessuali – che include il coronavirus, perché raramente si ricombina –
accumulano mutazioni dannose”.
Inoltre, per ragioni casuali, queste mutazioni possono essere fissate nella popolazione
e quindi il virus si moltiplicherà sempre peggio.
Il problema è che il cricchetto Mueller funziona bene solo in popolazioni molto piccole: questo effetto
può essere ottenuto, ad esempio, in laboratorio.
E durante un’epidemia le popolazioni sono molto numerose: anche se si registrano pochi nuovi
casi di malattie, ogni malato trasporta miliardi di particelle virali.
Pertanto, fuori dalle mura dei laboratori, fino ad ora, nessuno dei virologi ha avuto la possibilità
di vedere in azione il cricchetto Mueller.
“Per dimostrare che a causa di ciò, alcuni virus a RNA si sono estinti in condizioni naturali,
questo non è mai accaduto”, afferma Bazykin.
Il virologo ritiene che il discendente del delta, dominante in Giappone, non sia responsabile del fatto
che l’epidemia si sia placata, e suggerisce di spiegare cosa sia successo con il prosaico trionfo
della vaccinazione di massa.
Dal momento in cui l’ondata di contagi era ancora in crescita, e fino al momento della sua caduta,
la percentuale di vaccinati nel Paese è passata da circa il 30 al 40 per cento.
“Chi lo sa”, suggerisce Bazykin, “forse è stata la goccia che è stata sufficiente per invertire la tendenza”.
Ed è difficile giudicare come stanno ora le cose con il discendente giapponese del delta
e la sua fattibilità: i dati degli studi giapponesi non sono ancora stati pubblicati da nessuna parte.
Forse è per questo che il figlio giapponese della variante delta non ha ancora ricevuto il proprio nome
(e nemmeno una riga nella base delle varianti Pango).
– Cugino ribelle
Nel frattempo, la quarta ondata di coronavirus è arrivata in Sudafrica.
I tre precedenti sono iniziati chiaramente nei tempi previsti, una volta ogni sei mesi, e si sono sviluppati
secondo lo scenario “tsunami”.
Il primo è stato apparentemente causato dal coronavirus originale di Wuhan,
il secondo ha coinciso con la comparsa della variante beta,
il terzo con la diffusione del delta.
Il prossimo non era previsto prima di un mese o due, ma i casi di contagio hanno cominciato
a crescere bruscamente già a novembre.
Il 23 novembre, il virologo britannico Tom Peacock ha trovato quattro genomi sospetti nel database GISAID,
presumibilmente dal Botswana.
Nessuno di loro era discendente del delta, ma tutti avevano un numero insolitamente alto di mutazioni
nella proteina spike, più di tre volte di più rispetto all’alfa.
I cambiamenti hanno interessato le sue parti più diverse: quelle con cui si lega al recettore ACE2
sulla superficie delle cellule e quelle che lo aiutano a entrare nella cellula (“sito della furina”)
e quelle per le quali gli anticorpi lo catturano.
Sono state trovate quasi tutte le mutazioni “nominate” che i virologi conoscono dalle versioni precedenti:
l’onnipresente Doug (D614G), Pooh (P681H) da alfa e Karen (K417N) da beta, Nelly (N501Y)
da gamma e Sean (S477N) da iota , così come singole mutazioni dal delta e un paio di altre varianti meno conosciute.
In questa “società” manca solo di Leif (L18F), noto dalle varianti beta, ed Eric (E484K) – ma invece di quest’ultimo,
c’è un sostituto simile nei genomi del Botswana, E484A.
C’erano anche tali mutazioni che finora gli scienziati hanno visto solo nei laboratori,
ma non si sono incontrate in varianti comuni.
Ci sono sostituzioni completamente nuove, mai viste prima. In totale, Peacock ha contato 32 mutazioni,
più di tutte le precedenti varianti di coronavirus.
Sono state trovate mutazioni anche in altre parti del genoma della nuova variante.
Ad esempio, due sostituzioni nella proteina N: sono già state riscontrate dai virologi in alfa, beta e lambda
e sanno che possono essere associate a una maggiore infettività.
Un altro gene conteneva un inserto di 9 nucleotidi – apparentemente, il loro virus
preso in prestito da uno degli mRNA umani.
Inserzioni simili sono già state riscontrate nel coronavirus e, secondo i virologi,
questo è in qualche modo un “pig in a poke” – è impossibile prevedere quanto cambino la struttura
della proteina e quanto siano importanti questi cambiamenti.
La nuova versione ha già ricevuto il nome Pango (Phylogenetic Assignment of Named Global Outbreak Lineages)
B.1.1.529 – che sottolinea che non è un discendente del delta, ma piuttosto un cugino,
un rappresentante del ramo laterale (al momento) dello sviluppo del coronavirus.
Inoltre, Peacock nota che questo ramo è davvero lungo: B.1.1.529 è stato separato da un antenato
comune con altre varianti all’inizio della primavera 2020.
Questa variante, secondo Bazykin, ha accumulato in media mutazioni più velocemente di tutte le varianti del coronavirus.
In questo senso è simile all’alpha, poi è apparsa all’improvviso anche una nuova versione, con molte mutazioni
e senza tappe intermedie. “Questo lascia intendere, – dice lo scienziato, – che sia sorto in alcune condizioni insolite.
Forse questo è un paziente con immunità soppressa, che ha contratto un anno fa e questa variante
ha vissuto in lui tutto l’anno.
Questo spiegherebbe perché questo non è un delta, ma un discendente del ceppo originale B.1.1,
che ora è praticamente estinto”.
Se questa gamma di mutazioni abbia fortemente influenzato le proprietà della nuova variante, nessuno lo sa ancora
e lo scienziato non si impegna a prevedere il loro effetto totale, ma ammette che insieme possono
non solo rafforzarsi, ma anche indebolirsi a vicenda.
Può darsi che la modalità di evoluzione, che è associata ai pazienti immunocompromessi, sia leggermente diversa”,
riflette Bazykin, “e la selezione che agisce sul virus è leggermente diversa rispetto a una popolazione normale”.
Ciò significa che quelle proprietà che sono favorevoli a una lunga vita nel corpo di un tale paziente
non coincidono necessariamente con quelle che ci consentono di conquistare paesi e continenti.
Finora, non ci sono molti casi di infezione da B.1.1.529, quindi possiamo giudicare le sue proprietà solo da dati indiretti.
Ad esempio, il gruppo di Jesse Bloom, impegnato nella previsione delle proprietà del virus dalle sue mutazioni, ha già costruito diagrammi che descrivono il suo legame con gli anticorpi. In precedenza, il gruppo di Bloom ha scoperto che gli anticorpi umani possono essere divisi in tre gruppi, a seconda del punto in cui attaccano la proteina S. B.1.1.529 ha mutazioni in tutti e tre i punti di attacco. Ciò significa che potrebbe essere meno suscettibile alla neutralizzazione. Bloom prevede che tra gli anticorpi monoclonali commerciali che sono ora approvati in alcuni paesi per il trattamento del coronavirus, i farmaci di Regeneron ed Eli Lilly potrebbero non essere efficaci contro B.1.1.529, ma gli anticorpi di AstraZeneca hanno maggiori possibilità di farcela. con esso – perché prendono di mira altre regioni della proteina S.
Inoltre, sembra che la nuova variante sia davvero più infettiva del delta – almeno, secondo i genetisti,
è stato lui a causare una nuova ondata di infezioni in Sudafrica.
Sebbene i suoi primi genomi siano stati trovati in campioni provenienti dal Botswana, da allora è emerso
che è responsabile di almeno il 75% dei nuovi casi in Sudafrica. B.1.1.529 è già stato trovato
su persone tornate dal Sudafrica a Hong Kong, Israele e Belgio.
OMS ha provvisoriamente aggiunto B.1.1.529 al VUM (variante sotto controllo) lista.
L’organizzazione sta tenendo una riunione di emergenza in questo momento per discutere una nuova opzione.
Si prevede che venga “promosso” a una variante di interesse (VOI) o addirittura di interesse (VOC)
e gli sia stato conferito il nome “nudo”.
Dall’editore
Dopo aver pubblicato questo materiale, la Commissione dell’OMS ha deciso di denominare la versione B.1.1.529
“omicron” e non “nu”, come supponevamo.
Inoltre, alla nuova opzione è stato assegnato lo status VOC – “opzione preoccupante”, che la mette alla pari con il “delta”.
Le frontiere chiuse durante la pandemia hanno trasformato i singoli Paesi in incubatori indipendenti di coronavirus.
Non è facile prevedere quali varianti nasceranno in ognuna di esse e perché, non è facile: dipende
dalle restrizioni epidemiologiche, e dalle caratteristiche della popolazione, e da quali competitor dovrà lottare
la nuova variante la corona di un particolare impero.
Ma capiamo già approssimativamente quale terreno risulta essere il più fertile per i virus:
questi sono, di regola, paesi con un basso livello di vaccinazione.
All’inizio della pandemia, i ricercatori temevano che la vaccinazione potesse accelerare l’evoluzione del coronavirus.
Poi hanno temuto che il livello insufficiente di restrizioni epidemiologiche durante la campagna di vaccinazione
potesse dar luogo a nuove opzioni aggressive.
Poi si aspettavano che uno dei discendenti del delta diventasse colui che costringerebbe a convocare
le riunioni di emergenza dell’OMS.
E in alcuni paesi, infatti, i figli del delta sono riusciti a deporre il padre dal trono, ma tutti ci sono riusciti grazie al caso.
Ma il vero pericolo veniva da dove l’effetto del fondatore non funzionava.
Ma, a quanto pare, la bassa percentuale di persone vaccinate e un gran numero di persone con immunodeficienza
(incluso l’infezione da HIV) hanno avuto un ruolo – e una progenie completamente
diversa del coronavirus di Wuhan, forse, ha avuto la possibilità di prendere il trono dal regnante delta.
– fine
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X Marco Bo
certo che un articolone del genere che non menziona il fatto che in Giappone c’erano meno di 2.000 casi a metà luglio quando cominciarono ad arrivare le delegazioni olimpioniche, e aveva raggiunto i 15.000 casi l’8 agosto, l’ultimo giorno delle Olimpiadi,
per poi stranamente cominciare a calare verso la fine del mese…
Altro che ‘variante che si è autodistrutta’, e apparsa ‘ad aprile’. Infatti è rimasta sottotraccia fino a quando non sono iniziate le migrazioni olimpioniche arrivando ad un numero di casi record.
Questo uno studio serio dovrebbe contemplarlo, o è chiedere troppo?
Ok, da te è sicuramente chiedere troppo.
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Bo, ma almeno ti fai pagare per questa lunga cagata?
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”La riduzione media del rischio relativo è minore con Astrazeneca e si riduce più rapidamente, senza più alcuna efficacia a sei mesi. Per quanto riguarda il Covid grave, la riduzione media del rischio relativo passa dall’89% dopo 15-30 giorni al 42 dal giorno 181 in poi.”
MA TU PENSA. Chi l’avrebbe detto che questi vaccini andassero in fumo dopo 4-5 mesi.
A proposito, chi è che ha accusato Belpietro di dire balle quando raccontava che Israele stava già pensando alla 4a dose?
La prossima mutazione potrebbe causare dei problemi mai visti prima, dicono.
Infatti, è tutto già visto.
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